Le programme RNAmb (Réseau Normand d’Analyse microbiotes et biofilms) financé dans le cadre de l’AMI régional RIN (Réseaux d’Intérêt Normand) a pour objectif général l’étude des microbiotes par l’utilisation d’outils globaux comme la métagénomique.
Au sein de l’UR ABTE, deux aspects seront particulièrement développés :
- Etude du microbiote bactérien et fongique aérien (équipe ToxEMAC) :
Cette approche vise à établir un profil de la diversité fongique et bactérienne, obtenue par séquençage des ADN, au sein d’environnements intérieurs et extérieurs. Les séquences d’intérêt seront confirmées par PCR quantitative. Ces travaux permettront de progresser dans l’étude de l’exposition humaine aux bioaérosols en milieux professionnels (secteurs agricoles, hospitaliers,…) ainsi que dans les habitats dégradés. Une meilleure caractérisation et compréhension de la diversité et de la dynamique des espèces microbiennes présentes ainsi que les paramètres environnementaux qui influencent la virulence (production de mycotoxines par exemple) contribuera à une meilleure connaissance de l’impact des contaminants aériens dans le développement de maladies respiratoires.
- Etude du rôle des bactériophages sur la dynamique du microbiote au sein de matrices alimentaires (équipe MALIM)
Les bactéries associées aux produits alimentaires fermentés (fromages, boissons fermentées, etc.) sont bien connues pour leur potentiel technologique et santé. De nombreux travaux se sont penchés sur la diversité de ces communautés bactériennes et sur les flux microbiens au sein de ces écosystèmes complexes. Il existe actuellement un manque flagrant de données scientifiques concernant l’impact des communautés de bacteriophages, ou phageomes, sur la dynamique de ces communautés bactériennes alimentaires. Dans d’autres écosystèmes bactériens complexes, tels que le tube digestif humain, le phageome est pressenti comme jouant un rôle de « biomarqueur » de santé ou de maladie. Mais son rôle et sa diversité restent encore à être établis quel que soit l’écosystème considéré. Cette partie du projet vise donc à mieux comprendre la composition et la diversité du phageome en lien avec la composition bactérienne d’aliments fermentés de Normandie. Ceci sera possible par la mise en œuvre de séquençage à haut débit de phageomes et de microbiotes issus de différentes matrices alimentaires. Ce travail permettra de poser les bases pour améliorer l’étude des fluctuations de la composition en bactériophages des matrices alimentaires en lien avec la composition bactérienne, afin de mieux appréhender les relations existant entre les communautés bactériennes et phagiques. Ces résultats ouvriront la porte à une meilleure compréhension de la construction des écosystèmes alimentaires et de leur évolution.
Ce projet est mené en collaboration avec les laboratoires LMSM (porteur du programme) et PBS-BRICS de l’Université de Rouen et du CNRS, dans le cadre de l’axe « Sécurité Sanitaire et Aliments Durables » de la COMUE Normandie-Université.
Ce projet est cofinancé par l’Union Européenne et la Région Normandie dans le cadre du programme opérationnel FEDER/ FSE 2014-2020.
