Projet financé par la Région Normandie
Comprendre les interactions microbiennes à l’œuvre dans les aliments est un enjeu essentiel pour limiter les pertes et produire des aliments durables, notamment à l’aide de la biopréservation. Les interactions basées sur la production de molécules antagonistes sont de mieux en mieux décrites, mais celles basées sur la compétition nutritionnelle ne le sont que très peu, alors qu’elles peuvent être impliquées dans l’inhibition de microorganismes indésirables par des souches protectrices. Ce mode d’inhibition est complexe, car il dépend de la composition du milieu et son décryptage est un défi qu’il convient de relever. Le projet NutriLac s’inscrit dans ce contexte de recherche innovante, et marque la continuité de travaux de thèse menés au laboratoire (2017- 2021) ayant permis de créer des communautés microbiennes de bactéries lactiques (LAB) à activité anti-Salmonella en milieu laitier. NutriLac vise à étudier les mécanismes inhibiteurs, notamment de type compétition nutritionnelle, impliqués dans les relations entre des souches issues de communautés précédemment développées et des souches de Salmonella de différents sérovars. Ses objectifs sont i) d’étudier l’impact de modifications de la concentration en nutriments du milieu MCD lait sur les dynamiques des populations lors de co-cultures entre LAB sélectionnées et souches de Salmonella sensibles, (ii) d’identifier les voies métaboliques et/ou gènes impliqués dans l’effet bioprotecteur et (iii) de proposer une méthodologie pour optimiser l’action des souches bioprotectrices. Dans le cadre de ce projet, des méthodes culturales et moléculaires permettront le suivi des dynamiques de populations. L’étude des génomes couplée à des approches métatranscriptomiques et métabolomiques aidera à élucider les mécanismes mis en jeu. Enfin, au travers de modélisations mathématiques, NutriLac permettra la création d’outils pour accompagner les filières agro-alimentaires dans la gestion de la qualité de leurs productions.