Projet financé par la Région Normandie
Les microorganismes constituent la forme de vie la plus répandue sur Terre, les bactéries représentant jusqu’à 88% des espèces vivantes. Ils occupent virtuellement la quasi-totalité des écosystèmes sous forme de communautés microbiennes et, de par leurs activités et leurs interactions, remplissent de nombreuses fonctions essentielles pour l’environnement, les animaux ou encore les plantes. Les microorganismes font également partie intégrante des écosystèmes alimentaires, en particulier ceux des aliments fermentés tels que les fromages au lait cru. Ces produits représentent une minorité des fromages fabriqués à l’échelle nationale (16%), mais sont considérés comme hautement qualitatifs (4/5 sont sous signe d’Appellation d’Origine Protégée ou d’Indication Géographique Protégée). Ils sont également considérés à forte valeur ajoutée, rémunérateurs et source d’emploi pour les producteurs de lait et les transformateurs. Les microorganismes présents dans les fromages au lait cru proviennent des ferments, de l’environnement de production et du lait cru. Les communautés microbiennes du lait cru sont riches et complexes. Ces microorganismes contribuent à la qualité organoleptique du produit (ex : richesse aromatique), à une potentielle fonction barrière contre des bactéries pathogènes ou encore à des bénéfices santé pour le consommateur. Néanmoins, le lait cru peut dans certains cas également être source d’agents pathogènes, d’agents d’altération, ou présenter une abondance et une diversité faibles en flores d’intérêt technologique. En effet, différents facteurs peuvent influencer négativement la qualité des laits crus, tels que l’état de santé ou le bien-être des animaux (mammites, stress, …), l’hygiène de traite ou encore une réfrigération prolongée du lait. Par ailleurs, la perturbation de la biodiversité microbienne par la présence de résidus (polluants environnementaux, résidus de nettoyage) reste à ce jour non explorée et pourrait être en partie responsable d’une baisse potentielle de la qualité microbiologique des laits. Nous prenons conscience aujourd’hui de l’impact de la perte croissante de biodiversité d’espèces animales et de plantes sur les écosystèmes. En ce qui concerne les espèces microbiennes, les études portant sur la microbiodiversité restent rares. Dans ce contexte, il est important de se pencher sur les facteurs pouvant négativement influencer la diversité et les potentiels de fonction des microorganismes dans les laits. D’une manière générale, les communautés microbiennes naturelles sont riches d’un point de vue diversité et interactions qui y règnent, leur étude est donc complexe. L’étude du microbiote du lait cru et de ses potentielles fonctions pour les produits transformés lors de sa mise en œuvre représente donc un véritable défi car d’une extraordinaire complexité et variabilité. Afin d’explorer ce monde, la construction de communautés microbiennes synthétiques, ou SynComs, représente une approche intéressante. Ces communautés composées de microorganismes conservent en effet les caractéristiques clés des communautés microbiennes naturelles visées et, en raison de leur complexité réduite et de leur nature définie, présentent un intérêt particulier en tant que systèmes modèles d’étude. Dans le domaine de l’écologie microbienne des aliments, la pertinence d’une SynCom lait cru reste à ce jour inexplorée. Dans le cadre du projet MicroMILC, la faisabilité d’obtention d’un tel outil sera explorée afin de servir de base à de futures études innovantes et ambitieuses en écologie microbienne des aliments.