- Descriptif de la thématique de recherche : Les communautés bactériennes des produits alimentaires fermentés sont connues pour leurs propriétés technologiques et leur potentiel santé. Les bactériophages (phages), virus spécifiques des bactéries, ciblent directement ces dernières ; ils sont ainsi suspectés d’avoir un rôle dans la construction et les fluctuations des écosystèmes microbiens auxquels ils sont associés. Un manque flagrant de données existe en ce qui concerne l’impact des communautés de phages, ou phageome, au sein des écosystèmes alimentaires. Ce projet vise à comprendre les mécanismes d’interaction phages-bactéries gouvernant les équilibres microbiens au sein des aliments fermentés, et influençant, par conséquent, la qualité du produit fini. Le premier enjeu de ce travail sera de comprendre comment le phageome d’un aliment fermenté influence la construction et l’évolution des équilibres entre populations bactériennes. Ceci sera mis en œuvre par le développement de communautés bactériennes modèles pour l’étude spécifique de ces équilibres phages-bactéries. Dans un deuxième temps, l’impact des phages sur l’activité d’une communauté bactérienne, par l’étude de la réponse transcriptomique bactérienne au stress phagique en conditions mimant l’aliment, sera décrypté. Un dernier volet consistera, en lien avec les projets nationaux MetaPDOcheese et ADAMOS, à corréler la diversité du phageome alimentaire à la diversité des communautés bactériennes d’aliments fermentés par séquençage global de ces communautés à différentes étapes du process. Ceci permettra de comprendre de manière plus globale comment évoluent et se construisent ces deux communautés dans le temps.
En résumé, ce projet apportera de nouvelles connaissances relatives aux communautés microbiennes alimentaires pour leur maitrise durable à long terme, en prenant en compte le rôle des phages dans les équilibres microbiens, ce qui n’a encore jamais été étudié dans les aliments jusqu’à présent.
- Profil :
Titulaire d’un Master 2 en microbiologie et/ou agroalimentaire ou équivalent, avec une expérience en laboratoire de recherche ou R&D. Une connaissance des bactériophages et une expérience pratique de leur manipulation sont fortement souhaitées. Le (la) candidat(e) doit posséder de solides bases scientifiques afin de pouvoir entreprendre les travaux de thèse avec une approche pluridisciplinaire (microbiologie, biochimie, biologie moléculaire), ainsi qu’un esprit créatif et des capacités d’autonomie et relationnelles. Sont attendues rigueur, bonne maîtrise de l’anglais, et bonnes capacités rédactionnelles ainsi que de communication.
- Durée du contrat doctoral : 36 mois (du 01/09/2018 au 31/08/2021)
- Personnes à contacter pour toute information :
Directeur de thèse : Prof Jean-Michel PANOFF : +33 (0)2 31 56 54 29 / jean-michel.panoff@unicaen.fr
Co-encadrante de thèse : Dr Marion DALMASSO : +33 (0)2 31 56 51 56/ marion.dalmasso@unicaen.fr
- Modalités de candidature :
Cette offre s’inscrit dans le cadre du concours d’attribution de bourses de thèse de l’école doctorale EdNBISE (Biologie Intégrative, Santé, Environnement, https://www.unicaen.fr/ednbise/Accueil/). Les candidats devront envoyer un dossier par mail (jean-michel.panoff@unicaen.fr et marion.dalmasso@unicaen.fr) avant le 12 juin 2018. Ce dossier comportera : une lettre de motivation, les contacts de deux référents, les relevés de notes en M1 et M2, un curriculum vitae décrivant le parcours antérieur de formation et, le cas échéant, l’expérience de recherche du candidat. Les dossiers seront examinés par une commission de sélection au fil de l’eau et les candidats retenus seront convoqués pour un entretien de présélection avant le 14 juin 2018. Pour le candidat présélectionné, le concours devant le jury de l’EdNBISE aura lieu du 28 juin 2018 8h00 au 29 juin 2018 19h. Ceci implique une préparation au concours du 14 au 28 juin, période pendant laquelle le candidat devra être disponible.
PhD studentship: Bacteriophage-bacteria interactions in microbial communities of fermented foods
PhD topic: Bacterial communities of fermented foods are well known for their technological and health potentialities. As bacteriophages (phages), the viruses of bacteria, directly target bacteria, they are suspected to have an impact in driving and shaping the microbial ecosystems to which they are associated. A dramatic lack of data exists regarding the impact of phage communities, the phageomes, within the food ecosystems. This project aims at studying the mechanisms driving phage-bacteria interactions and, consequently, the microbial equilibria within fermented foods, impacting the quality of the final product. The first objective of this work will be to understand how the phageome influences the construction and the evolution of the microbial populations in fermented foods. This will be implemented by the design of model bacterial communities for the specific study of phage-bacteria equilibria. Over a second phase, the impact of phages on the behavior of a bacterial community will be assessed thanks to the study of the bacterial transcriptomic response when challenged with phages in conditions mimicking the fermented food environment. Another part of the project, connected to the national research programs MetaPDOCheese and ADAMOS, will focus on correlating the phageome diversity and the bacterial diversity through the generation and analysis of next generation sequencing data in fermented foods at different stages of the manufacturing process. This will aim at understanding the temporal construction of these two microbial communities and the links that exist between them.
To conclude, this project will bring insights into food microbial communities for their sustainable control in the long run, taking into account the role of phages in microbial equilibria which has never been explored in foods so far.
- Research unit: “Food Bioprocess Toxicology Environment” is a research unit created in 2012 from Universities of Caen and Rouen. The RU projects concern different aspects of the quality and safety of foods, air and water environments. It is constituted of three teams, MALIM, EcoTea and ToxEMAC. The research work in the PhD host team, MALIM (Food matrixes and microbiota), is dedicated to the study of food microbiota and the structure-function connections that exist within foods. A particular attention is given to the construction of the microbial ecosystems in fermented and non-fermented foods.
- Criteria: Master 2 degree in microbiology or agroindustry or equivalent, with previous work experience in a research or R&D laboratory. Previous work with bacteriophages would be an advantage. The candidate must have a solid scientific background in order to carry out this multi-disciplinary PhD work (microbiology, biochemistry, molecular biology). He/She has a creative mind, and good communication, organization and interpersonal skills. He/She is meticulous, with a good level in English and writing skills.
- Post duration: 36 months (from 01/09/2018 to 31/08/2021)
- For informal enquiries on the post candidates should contact:
PhD director: Prof Jean-Michel PANOFF : tel +33 (0)2 31 56 54 29 / jean-michel.panoff@unicaen.fr
PhD co-supervisor: Dr Marion DALMASSO : +33 (0)2 31 56 51 56 / marion.dalmasso@unicaen.fr
- To apply:
This PhD studentship is part of the doctoral school EdNBISE (Integrative Biology, Health and Environment, https://www.unicaen.fr/ednbise/Accueil/) programme. Please send your application by email (jean-michel.panoff@unicaen.fr and marion.dalmasso@unicaen.fr) on or before the closing date 12th June 2018. Your application will enclose a cover letter, the contacts of two referees, your M1 and M2 transcripts of grades or equivalent, a CV describing your educational background, and, if applicable, your previous research experience. Applications will be examined by a pre-selection committee and pre-selection interviews will be carried out before the 14th of June 2018, until the suitable candidate is found. The final interview in front of the EdNBISE examination board will take place on 28th June 2018 8:00 am to 29th June 2018 19:00 pm. This implies that the pre-selected candidate will have to make him/herself available for an interview training from 14th June 2018 to 27th June 2018.