Plateformes

Centre de diversité des microorganismes / PRISSM / Spectroscopie IRTF

Centre de biodiversité des microorganismes

Le centre de biodiversité des microorganismes est un service commun de la SF ICORE 4206. Il regroupe deux collections existantes de micro-organismes de l’UNICAEN : ALGOBANK-CAEN, collection riche de plus de 500 souches de souches de microalgues marines, saumâtres et dulcicoles destinées principalement à la recherche et à l’enseignement et la collection UCMA, collection de plus de trente années d’existence comptant actuellement environ 14000 isolats microbiens représentant la biodiversité passée et présente de souches majoritairement d’intérêt technologique. Les souches de microalgues marines et les isolats microbiens sont collectés et conservés ex situ afin de pouvoir servir de référence ou de base pour des travaux futurs.
L’objectif de ce centre de microbiodiversité est d’être capable de fournir des échantillons d’espèces représentatives ayant conservé leur potentiel complet et qui démontrent des caractéristiques typiques. Pour cela, les rôles clés des collections de l’UNICAEN sont :
•    Conserver des ressources dans le respect de leur diversité écologique et fonctionnelle
•    Rendre disponibles des souches pour leur utilisation régulière et reproductible
•    Assurer la sécurité, l’entretien et la confidentialité des espèces déposées
•    Fournir les informations concernant la source, la caractérisation, et l’utilisation des souches.
Ces collections, en plus de leur rôle de conservation, sont en mesure de proposer des collaborations ou des prestations de services sur l’amélioration de méthodes de cryoconservation, l’identification génétique des souches et la caractérisation des souches (croissance, signatures d’état physiologique, propriétés technologiques…)…

PRISMM

Plateforme de Recherche et d’Innovation en Spectrométrie de Masse et Métabolomique

Présentation et Objectifs

La Plateforme de Recherche et d’Innovation en Spectrométrie de Masse et Métabolomique est un service commun de la SF ICORE 4206 et du Centre de Lutte Contre le Cancer François Baclesse, hébergée au sein du bâtiment de Recherche du CLCC F. Baclesse.

PRISMM a une vocation de service, de recherche et de formation orientée principalement vers l’identification et la quantification de nouveaux biomarqueurs dans les domaines de la santé et de l’environnement. Elle propose de ce fait l’analyse et le dosage de petites molécules (poids moléculaire inférieur à 2000 Da) à partir d’échantillons de natures très variées par des méthodes d’analyses innovantes couplées ou non à la spectrométrie de masse (HPLC-UV, HPLC-ECD, Electrophorèse capillaire). La plateforme est ouverte aux équipes de la SF ICORE, aux laboratoires publics ou privés régionaux, nationaux et internationaux.

Les analyses peuvent être réalisées suivant les cas sous la forme de prestations de services simples, de prestations élargies à la mise au point et la validation de nouvelles méthodes d’analyse ou sous forme de partenariats de recherche. Suivant le type de prestation, les analyses pourront être réalisées par le personnel de la plateforme ou une offre de formation du personnel du laboratoire partenaire pourra être proposée dans le cadre d’un partenariat de recherche.

Savoir-faire

Identification, analyse et dosage de petites molécules (poids moléculaire inférieur à 2000 Da) par couplage UHPLC-MS/MS, UHPLC-UV, HPLC-UV, HPLC-ECD, Electrophorèse capillaire. Préparation d’échantillon par extraction en phase solide, liquide/liquide, polymères imprimés… Sont comprises l’optimisation et la validation de toutes les étapes de la chaîne d’analyse selon les normes en vigueur :

  • extraction
  • purification
  • séparation
  • détection
  • validation
  • traitement des données

La possibilité de purifier de petites quantités de composés d’intérêt dans un mélange complexe peut également être envisagée. Un conseil sur l’échantillonnage est également proposé.

Équipement
Matériel d’extraction : Ultra-Turrax, TissueLyser…
Matériel de purification : LLE, SPE, QuEChERS, techniques innovantes (MIP)…
Electrophorèse capillaire Beckman PACE 5000.
Chaîne HPLC avec détecteur électrochimique coulométrique ESA Coulochem III.
Chaîne HPLC Varian ProStar : équipée d’un passeur d’échantillons, d’un système de pompage de type gradient binaire haute pression, d’un four colonne, d’un détecteur UV-Visible.Chaîne UHPLC Shimadzu Nexera : équipée d’un passeur d’échantillons thermostaté, d’un système de pompage de type gradient binaire haute pression, d’un four colonne, d’un détecteur UV-Visible à double longueurs d’ondes.Spectromètre de Masse Shimadzu 8040 : spectromètre de masse de type triple quadripôle avec source électrospray (ESI+/-).Contact : Pr Raphaël Delépée

Spectroscopie IRTF

 

Le spectre InfraRouge (IR) d’un échantillon informe sur sa composition biochimique. Il correspond aux modes de vibration des liaisons chimiques des constituants et en donne une image semi-quantitative.

Appliquée aux micro-organismes, cette méthode analytique permet d’obtenir une « signature » de l’échantillon correspondant à la nature, au stade de croissance et au contexte dans lequel les cellules ont été cultivées. L’analyse statistique des données spectrales permet de discriminer, de classer, de caractériser ou encore d’identifier certaines souches.

Objectifs : obtention des spectres IR d’échantillons microbiens ou autre à des fins de caractérisation.

Savoir-faire : préparation des échantillons ; traitements statistiques des spectres : discrimination, identification.

Matériel : Spectroscope InfraRouge ; passeur multipuits HTS-XT (Bruker), accessoires ATR, réflexion diffuse, microscope InfraRouge Tensor 27 (Bruker).

Prestations proposées : acquisition de spectres de tissus ; formation à la réalisation de spectres, au traitement statistique et à l’interprétation des données ; mise à disposition d’équipements.

Responsable IRTF : Florence Guibet

Pour toute réservation (planning d’utilisation), contact : marielle.lopez-pardo@unicaen.fr avec copie à florence.guibet@unicaen.fr